Eu moro em Cingapura e levei balsas para Batam e Bintan (outra ilha próxima).
Deixe-me primeiro esclarecer a confusão que você adquiriu lendo essa página no Travelfish.org. Eles mencionam que a balsa para a Indonésia leva "alguns dias" e "não é mais barata do que voar". Eles não estão se referindo ao ferry para Batam, mas sim para a jornada geral de Cingapura até Java, que, conforme descrito no artigo, tem três etapas, sendo Batam o primeiro, o mais fácil e o menos significativo.
Com isso fora do caminho: essas balsas são extremamente seguras. O terminal e as embarcações têm alguma semelhança com um pequeno aeroporto, e nenhum com os por vezes caóticos "bumboat" que fazem viagens curtas em outros lugares da região. Os navios são de bom porte, com assentos adequados, com ótima aparência e totalmente vedados contra o tempo (que geralmente é calmo).
A viagem de balsa não é muito longa e a tripulação é profissional. Os cingapurianos, em geral, não são pessoas que toleram condições inseguras (e há muitos deles levando essas balsas, devido ao trabalho e também aos muitos campos de golfe em Batam e Bintan).
Aproveite a viagem. Se não fosse pelas cenas interessantes de navios de carga em todos os lugares, você provavelmente acharia chato!