Como citado na resposta aceita aqui :
"It's impossible to track anyone who Apparates, unless you grab hold of them as they disappear."
-Remus Lupin - Deathly Hallows - Chapter 11 - The Bribe
Então o Ministério pode ter detectado que Harry e co tinham desaparatado da localização X, mas eles não tinham ideia de onde tinham aparatado.