Eu acho que você está assumindo que um Jedi normal teria que respirar tanto quanto um ser humano normal. Nós sabemos, da Phantom Menace, que os Jedi podem prender a respiração por um longo tempo. Então, presumivelmente, eles podem controlar seus corpos para exigir menos oxigênio.
Mas o respirador não necessariamente filtra o ar da água. De acordo com o banco de dados do Starwars.com (grifo meu)
A small breather that fits snugly into a Jedi Knight's utility belt, the A99 aquata breather is a compact mouthpiece designed to supply its wearer with a breathable gas. The A99 has advanced filters to allow it to function underwater, in a vacuum, and in certain poisonous environments. The A99 has a number of variants to accommodate a variety of alien physiologies. The A99's miniature compressed air tanks can supply two hours of oxygen.