Com base nos comentários, acho que você está falando sobre a linha de condensação do manipulador de ar.
Para o condensado, você não precisa se preocupar com bactérias. Não é como se você estivesse bebendo, e não forma um reservatório de água estagnada em seu sistema (a menos que esteja ligado).
Você faz precisa se preocupar se a linha de condensação for conectada, no entanto. Em caso afirmativo, ele fará backup e inundará seu porão / sótão (onde quer que o manipulador de ar esteja instalado). Em um dia úmido, o sistema pode extrair um pouco de água do ar. Você não quer isso no seu andar do porão.
A água que escorre pelas linhas é condensação e, portanto, muito limpa. A água não terá nenhum grão para depositar na linha. (A menos que seu manipulador de ar esteja cheio de ar sujo, você terá problemas maiores.)
Dependendo de onde a outra extremidade da linha de condensação leva, isso pode ser um ponto de entrada mais provável para sujeira / escória. Se estiver do lado de fora perto do chão, a lama pode se espalhar nele, os insetos podem rastejar, etc.
Provavelmente a melhor coisa a fazer seria conectar um Shop Vac ao final da linha e deixá-lo chupar. Você também pode usar um compressor de ar para soprar a linha a partir do interior.
Outra opção seria derramar algum limpador de dreno diluído (Draino) na linha e, em seguida, lavar com a mangueira. Certifique-se de lavá-lo completamente. Você não quer que o limpador fique sentado ali e coma o cachimbo.
Limpar a linha de condensado não deve ser feito com frequência. Uma vez por ano no máximo. A maioria das pessoas provavelmente nunca limpa as suas.