Todos os Reavers e Alliance foram destruídos na batalha final em Serenity?

Não, nem todas as forças da Aliança foram destruídas.

Some find the Crew after Mal sent out the message. The Operative orders them to stand down.

Do script :

Behind it, grappling hooks chained to a huge tractor pull the wall away as through the smoke come some fifteen Alliance soldiers, who line up, rifles trained on our gang...

SOLDIER: Drop your weapons! Drop 'em now!

ANOTHER SOLDIER: Do we engage? Do we engage?

Não sabemos ao certo exatamente o que aconteceu com os Reavers.

O Firefly Wiki faz uma alegação sem igual de que toda a Frota Reaver foi destruída:

They engaged the Union of Allied Planets Navy in the Universe battle and were annihilated.

Sabendo que a Aliança venceu a batalha, combinada com a ira de sangue dos Reavers, provavelmente impedindo-os de recuar, mesmo diante da destruição quase certa, e o fato de levar Reavers prisioneiro é quase impossível, eu concordaria e dizem que eles provavelmente foram todos destruídos.

Essa armada inteira pode ter sido destruída, mas pode ter havido várias frotas menores em ataques, etc., então não podemos ter certeza de que todas as naves Reaver, no verso, estavam presentes quando Mal disparou seu "pequeno canhão".

Soldados da Aliança "resgatam" a tripulação da Firefly para que eles não sejam todos destruídos

Se os Reavers tivessem vencido, continuariam a perseguir a serenidade. Isso é o que eles fazem. Eu não sei se os Reavers podem recuar. Apesar de sua selvageria e coragem suicida (forçando naves no espaço?) A aliança teria as vantagens de treinar e melhor armamento. Eles também não seriam impedidos pelo desejo dos Reavers de "prisioneiros" de torturarem. Seria de se esperar que a Aliança sofresse danos significativos, mas que os Reavers tivessem sido exterminados em grande parte.

Eu diria que eles foram destruídos. Eu acredito que a aliança ignorou os Reavers pela mesma razão que os romanos ignoraram alguns inimigos. Eles mantiveram os planetas exteriores assustados e menos propensos a se rebelarem, e eu acredito que a aliança temia que a guerra contra os Reavers os levaria a retaliar contra os planetas do sistema interno.

Assim, enquanto eles invadiram fora do núcleo, a aliança os deixou em paz. No entanto, eu diria que eles devem uma enorme dívida de gratidão. Ele montou a batalha de arremesso que a aliança estava com muito medo de tentar.