Eu não acredito que haja uma resposta definitiva para isso, mas aqui estão algumas razões plausíveis:
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Experiência. O feitiço de desarmar é o feitiço de assinatura de Harry e ele tem muita experiência em usá-lo. Por outro lado, ele nunca usou Avada Kedavra , muito menos em uma situação de combate.
Seus outros usos de Maldições Imperdoáveis tiveram resultados mistos: embora ele tenha usado a maldição Imperius com sucesso enquanto arrombava Gringotes, suas tentativas iniciais de usar a maldição Cruciatus em Bellatrix e Snape não tiveram sucesso. (Embora, como aponta @quapka nos comentários, ele acabou adquirindo competência nesta maldição.) Em uma luta tão importante, arriscar um feitiço novo e não testado parece imprudente.
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Confiabilidade. Ele usou um feitiço de desarmamento em várias ocasiões com grande efeito, incluindo a Batalha dos Sete Potter e seu último duelo com Voldemort, em Cálice de Fogo . De fato, o livro reconhece que um charme desarmante é o que lhe dá a melhor chance:
Harry heard the high voice shriek as he too yelled his best hope to the heavens, pointing Draco’s wand:
“Avada Kedavra!”
“Expelliarmus!”— Deathly Hallows, chapter 36, The Flaw in the Plan
Por que quebrar o que funciona? Claro, isso está ligado ao aspecto da experiência.
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Misericórdia. Nos livros, aprendemos que um ato de grande remorso pode reparar uma alma que foi dividida usando horcruxes, e Harry oferece a Voldemort essa chance de redenção:
“Yeah, it did,” said Harry. “You’re right. But before you try to kill me, I’d advise you to think about what you’ve done… Think, and try for some remorse, Riddle…”
“What is this?”
Of all the things that Harry had said to him, beyond any revelation or taunt, nothing had shocked Voldemort like this. Harry saw his pupils contract to thin slits, saw the skin around his eyes whiten.
“It’s your one last chance,” said Harry, “it’s all you’ve got left… I’ve seen what you’ll be otherwise… Be a man… try… Try for some remorse…”
— Deathly Hallows, chapter 36, The Flaw in the Plan
Usar um feitiço de desarmamento em vez de uma maldição mortal oferece a Voldemort essa chance final. Não é Harry quem mata Voldemort; é a maldição que veio da varinha que Voldemort estava segurando. Eu acho que Harry gostaria de dar a Voldemort a última chance.
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Não descendo ao nível de Voldemort. Lembre-se de que Harry quer seguir uma carreira como auror, e o primeiro auror que ele "conheceu" foi Moody. Em Cálice de Fogo , aprendemos que Moody tentou minimizar as mortes, e Harry pode ter sido influenciado por isso:
“I’ll say this for Moody, though, he never killed if he could help it. Always brought people in alive where possible. He was tough, but he never descended to the level of the Death Eaters.”
– Goblet of Fire, chapter 27, Padfoot Returns
Eu não consigo pensar em referências específicas, mas acho que Dumbledore também preferiria que Harry não matasse Voldemort se fosse possível. Ele olhou para os dois e isso pode ter influenciado seu plano para o duelo final.
Voldemort certamente foi destinado à execução de qualquer forma, mas isso não significa que Harry tenha sido o único a dar o golpe fatal.