As seguintes questões devem ser consideradas:
1) Objetos pesados em sua mão se tornam um projétil mortal em caso de frenagem de emergência e outros movimentos bruscos. Portanto, você deve manter o objeto no compartimento suspenso ou sob o assento à sua frente. Caso contrário, poderia quebrar seu pescoço ou de outra pessoa.
2) Há mais espaço para movimento no compartimento superior, especialmente quando vazio. Um objeto pesado desprotegido pode deslizar para trás e para frente e bater contra as paredes do compartimento e ficar danificado. Então, o chão sob o assento é o melhor lugar, desde que se encaixe.
3) Você deve considerar embalagem apropriada para o seu laptop. Embora existam bolsas padrão para laptops, alguns movimentos pesados podem não oferecer proteção adequada. Então, geralmente, é recomendável adicionar sua própria proteção / preenchimento, dependendo do peso do laptop. O envoltório de bolha é certamente um bom começo, talvez não muito prático para embalagens e descompactação repetidas. Há malas especiais para proteção pesada, como pelican ou outras.
Geralmente, quanto mais você embala o objeto entre outras coisas (roupas, etc), melhor é, uma vez que amortece qualquer impacto. Ter o laptop sem qualquer preenchimento dentro de uma bolsa definitivamente não é recomendado.