A alfândega nos aeroportos europeus é geralmente muito rápida, apenas uma questão de passar por uma porta especial, a menos que você tenha algo a declarar ou a menos que suspeite de alguma coisa. O controle de passaporte é geralmente bem rápido também.
Existe também a possibilidade de você ter que ser re-selecionado para segurança. A única informação que pude encontrar é realmente antiga, mas sugere que não há re-seleção em Munique:
Eu ficaria mais preocupado com possíveis atrasos do primeiro voo do que com o tempo para passar pelas formalidades.
Veja também link - eles falam sobre 30 / Conexões de 35 minutos. (By the way, você está se conectando dentro do mesmo terminal? Isso é algo a considerar também).
Obviamente, eu não compraria dois ingressos separados tão próximos, mas, desde que ambos os voos estejam na mesma reserva, acho que você deve estar bem.