Não é o mesmo engenheiro. Não é nem o mesmo planeta.
Em 'Alien', a tripulação do Nostromo aterrissa em LV -426 onde eles encontram o 'abandonado' (a espaçonave naufragada) com o 'jóquei espacial' (engenheiro) morto em seu assento. É neste momento nada mais do que um planetóide estéril com oligoelementos de uma atmosfera (ASH: "É quase primordial").
Em 'Prometheus', que é ajustado aprox. 29 anos antes, a tripulação do Prometheus pousou em LV-223, uma lua com uma atmosfera extremamente ativa e geologia dinâmica.
Os eventos que levaram ao acidente descoberto em 'Alien' ainda não foram abordados, no entanto, depois de ver os eventos de 'Prometheus' pode-se imaginar que o original 'abandonado' em LV-426 encontrou problemas semelhantes relacionados ao mutagênico. Ou talvez David tenha algo a ver com isso (assistir 'Alien: Covenant' responde a algumas perguntas enquanto levanta muitas outras).
TL: DR - 'Prometheus' não é um prequal direto para 'Alien' e eles são colocados em planetas diferentes - Linha do tempo do universo alienígena .