Eu diria que não, tanto por RAW quanto por interpretação. Por interpretação, parte do ponto de colocar-se contra a carga geralmente é usar o momento do oponente contra eles, forçando-os a se deparar com uma arma perfurante estacionária, apoiada contra algo igualmente estacionário, geralmente o chão ou um pé. Quando você está caindo, não consegue esse benefício. Por RAW, não há nada que impeça você de se preparar contra uma carga, mas a pessoa parada não está carregando, porque uma carga requer pelo menos 10 pés de movimento.
Se você quer criar um personagem baseado neste conceito, eu recomendo o talento Leap Attack do Complete Adventurer. Este talento permite que você dobre o dano de um ataque de poder se você pular mais de 10 pés na horizontal antes do ataque. Eu acho que é uma regra da casa fácil dizer que o feito também se aplica ao movimento vertical. O link postado por KRyan também tem outras ótimas sugestões.
Dito isso, eu diria que o atacante está cobrando e, portanto, o zagueiro poderá definir a carga. Acho que isso faz sentido, já que o objetivo de se preparar contra a carga é colocar uma arma perfurante (como uma lança ou lança) contra um oponente que esteja atacando. O que é uma carga? Bem, o carregamento geralmente envolve correr diretamente para um alvo que se move mais rápido que a velocidade de combate normal e um pouco mais imprudente. Eu diria que um ataque em queda certamente atende a ambos os critérios.
Por isso, eu diria que o ataque em queda poderia ser considerado uma carga, a qual você poderia então atacar.