Existem poucos episódios que conectam a mitologia principal da série (alienígenas e conspiração governamental) com outros elementos sobrenaturais. Os poucos que poderiam ser considerados como tendo uma mixagem no topo da minha cabeça estão listados abaixo.
Na maioria das vezes, eu esperaria que os episódios anteriores tivessem um pouco mais de cross-over, devido ao fato de que a mitologia evoluiu ao longo do tempo.
Episódio 9 da Temporada 1: Espaço
Você já mencionou este aqui em que lida com o rosto do fantasma de Marte e constrói uma história sobre como assombra os personagens. No entanto, não há conclusão sólida se o rosto fantasma é um fantasma ou simplesmente uma entidade alienígena desconhecida.
Episódio 10 da Temporada 1: Anjo Caído
Talvez um pouco exagerado, mas o alienígena nesse episódio é capaz de se disfarçar de invisível, o que suponho que poderia levar alguns a acreditarem que ele é "fantasma".
Temporada 1 Episódio 14: Bender de Gênero
Neste episódio, há um estranho culto como o mistério em torno de uma comunidade de amish que parece ser capaz de alternar entre macho e fêmea, vitimizando as pessoas quando o fazem. No final do episódio, ficamos sabendo que os membros do grupo Amish eram de fato alienígenas e partiram, deixando um círculo de colheita de seu OVNI.
Episódio 2 da Temporada 2 18: Simetria Temerosa
Este é outro exemplo de um episódio que começa de uma maneira e adiciona um toque extra terrestre. Neste, os animais escaparam e se mostraram invisíveis na comunidade. Mais tarde, aprendemos que os animais foram sujeitos a abduções por alienígenas e a invisibilidade é um efeito colateral do sequestro e dos testes.
Episódio 3 da Temporada 3: O Espaço Exterior de Jose Chung
Foi mencionado em um comentário que este mostra alienígenas entrando em contato com uma entidade que eles mesmos não poderiam explicar. Este é outro trecho, no entanto, por dois motivos. Primeiro, os alienígenas eram agentes reais do governo perpetuando a conspiração alienígena fingindo ser estrangeiros, usando disfarces, e eles se depararam com alienígenas reais no processo de sequestrar um fazendeiro e sua esposa. Em segundo lugar, os eventos deste episódio são descritos como uma narrativa de um livro e questionável se algum deles é real ou apenas uma obra da imaginação de José Chung.
Temporada 5 Episódio 7: Emily & Temporada 7, Episódio 11: Encerramento
Ambos os episódios conectam o conceito de walk-ins e abdução. A ideia é que as vítimas de rapto acabem sendo poupadas de terríveis destinos, sendo capazes de passar para o reino espiritual antes de suas mortes. Esta é a explicação para o que aconteceu com a irmã de Mulder, Samantha. Dito isso, não tenho certeza se existe uma ligação direta entre isso e os alienígenas, já que os seqüestros nesses casos foram perpetuados pelo sindicato das sombras.