Existem muitas possibilidades aqui, e não há uma resposta definitiva, o preço de viagem é complexo o suficiente apenas olhando para os voos quando você começa a falar dos pacotes e isso piora.
Em primeiro lugar, isso não é impossível, mas nem sempre é o caso, depende de onde você está indo, por quanto tempo e que época do ano (também que dias específicos, fim de semana / dia da semana). Então eu apenas aceitaria, ficaria contente e seguiria em frente.
Terá de verificar as condições da sua confirmação para ver se precisa de ficar no hotel, mas o máximo que tem de fazer é o check-in / check-out. ninguém vai checar se você está realmente ficando no quarto.
Então, por que o preço baixo? Primeiro você está registrando algo em curto prazo, geralmente isso significa preços mais altos. Talvez a Expedia tenha um acordo com as companhias aéreas, onde compram antecipadamente X assentos em uma determinada rota a um preço muito mais baixo há muito tempo. A Expedia sabe por experiência própria que pode vender o suficiente para cobrir os custos, a companhia aérea sabe que tem algum dinheiro garantido, o que é bom em vôos que, de outra forma, não seriam vendidos. O mesmo vale para hotéis.
Suponho que o voo que você está recebendo é o mesmo de um dos que você pagou separadamente, ou seja, a Expedia não deu a você um voo charter nem vinculou duas extremidades diferentes.
Pode ser que a Expedia obtenha um desconto de alguma companhia aérea que não esteja disponível para as pessoas que fizerem a reserva diretamente.
Como eu disse, existem muitas razões possíveis, se você nos informar onde estava indo (e de onde) pode ser possível encontrar algo mais específico.