Para começar, esse tipo de lacuna é comum em todos os lugares.
Em relação a pragas, sua moradia é mais permeável do que você jamais imaginou, então fechar essa coisa não vai resolver nenhum problema. Se eles existirem, as pragas precisam ser tratadas em sua origem (isto é, ninhos), não em seus sintomas (ou seja, eles andando pelo seu andar).
Se você ainda quiser selar, você precisa de algo flexível o suficiente para não prejudicar a expansão / contração do seu piso e não interferir com o seu rodapé. Nada vem à mente.
Resumo da cápsula: não se preocupe com isso.