Aeronaves militares têm transponders que podem responder a interrogações ATC radar e TCAS. Normalmente, as aeronaves militares que operam no espaço aéreo civil são visíveis para o ATC civil e também acionam os alertas do TCAS e alertam se estão recebendo perto de aviões.
Durante operações de guerra, e às vezes durante a prática de combate em espaço aéreo dedicado, o transponder é operado de um modo diferente e não responderá a interrogações de radar civil.
Normalmente, quando operando no espaço aéreo civil, as aeronaves militares voarão sob os regulamentos civis para esse espaço aéreo. Os vôos de treinamento são geralmente conduzidos em espaço aéreo dedicado sob controle de tráfego militar.
Em alguns casos, o ATC militar assume a responsabilidade sobre as aeronaves militares no espaço aéreo controlado pelo ATC civil. Nesse caso, o ATC militar será responsável pela separação entre as próprias aeronaves militares e entre as aeronaves militares e civis.
Em outros casos, as aeronaves militares podem manter sua separação umas das outras por conta própria, sem que o ATC civil interfira em suas operações. Isso permite operações em que aeronaves militares voam próximas umas das outras, como voo de formação e reabastecimento aéreo fora do espaço aéreo militar dedicado. Nos EUA, essas operações são chamadas MARSA (Military Assumes Responsibility for Separation of Aircraft). O ATC Civil é responsável por manter as aeronaves com Regras de Voo por Instrumento (IFR) separadas das operações do MARSA. Pilotos de Visual Flight Rules (VFR) têm que manter a separação visualmente dos voos MARSA e vice-versa. Se os pilotos VFR estiverem em contato com o ATC, eles serão avisados das operações militares em andamento.