Não há resposta canônica para isso que eu saiba.
Especulativamente, no entanto, a resposta poderia estar no fato de que, ao viajar no Delta Flyer, o Doctor estava operando muito além dos parâmetros ambientais que o Dr. Zimmerman antecipou. Como as velocidades do Transwarp não estavam disponíveis (ou previa-se que estivessem disponíveis) quando o programa do Doutor estava sendo desenvolvido, não haveria razão para que sua matriz fosse escrita com elas em mente.
O programa dele pode claramente perceber o ambiente ao redor dele de uma forma muito humana para que ele faça o seu trabalho e isso quase certamente tem que incluir maneiras de perceber equilíbrio e movimento, naves estelares movem-se bastante depois de tudo, e faz sentido para o que é essencialmente uma simulação de um humano comunicar essas "sensações" em termos humanos. Portanto, "Meu programa está experimentando forças g e outras leituras físicas fora dos parâmetros esperados" se traduz em termos humanos para "enjôo de movimento" - ou seja, se você pensar exatamente qual enjôo "real" é.