Resumindo, Todd queria um exército de clones e roubou os ZPMs Asuran para abastecer as instalações.
O mecanismo de clonagem não era novo nem se baseava na tecnologia Replicator. Na verdade, o laboratório de clonagem foi a chave para a derrota dos Antigos dos Espíritos, há 10.000 anos. Como mencionado várias vezes durante o show, a tecnologia antiga é muito mais avançada do que o equivalente Wraith, e os Wraiths venceram a primeira guerra em grande parte apenas por causa de seus números.
Esses números não existiam no começo da guerra, e uma das coisas que custaram à vitória dos Antigos foi que eles não entendiam como os Wraith continuavam reabastecendo seus números apesar das grandes perdas. Muitos dos experimentos antigos que vemos durante o show - incluindo os replicadores de Pegasus - foram uma tentativa desesperada de equilibrar essa desvantagem.
Todd aborda essa questão no episódio a que você está se referindo (S03E05 " Spoils of War " ):
TODD: Within weeks, our army had grown to hundreds of times its original size. From that point on, the tide of war turned in our favor and there was nothing the Lanteans could do.
Um dos comandantes originais dos Wraith durante a guerra, Todd foi aparentemente um dos poucos remanescentes que sabiam da existência do laboratório. A instalação em si estava usando o método Wraith de reprodução existente (uma rainha colocando "ovos"), mas o processo em si foi acelerado mil vezes ao introduzir a tecnologia Antiga para suprir a energia em vez da rainha. Os ZPMs originais foram esgotados, por isso Todd precisava de novos para alimentar a instalação. Ele aproveitou a confusão em Asura para roubar três para que ele pudesse reativá-lo. Ele foi traído, no entanto, pela rainha do navio da colmeia com quem ele trabalhava.
Quanto a WHY, qualquer um deles queria mais Wraith ao redor, eles provavelmente assumiram que eles cruzariam a ponte quando chegassem lá. A primeira prioridade era construir um exército para que eles pudessem dominar as outras facções Wraith e vencer a guerra civil. Eles provavelmente planejaram invadir a Atlântida depois disso, o que lhes daria a Terra como um novo campo de alimentação.