AFAIK, não houve confirmação canônica de uma forma ou de outra. A teoria dos fãs é que todos os soldados clone têm pesadelos sobre ligar o Jedi como resultado do 66-chip estar em seus cérebros. Em ambos os casos em que "os pesadelos" são mencionados, os outros clones dão um ao outro um olhar bastante sério e perspicaz.
O pedido 66 não é secreto. Faz parte das ordens permanentes dadas a todos os clones. Seu antecessor imediato, a Ordem 65, cobre fazer a mesma coisa ao Chanceler nas circunstâncias apropriadas. As táticas para ambos teriam sido repetidas repetidamente. (Primeiro vemos isso em "Brain Invaders" de S2, onde uma companhia de clones assumida por Geonosian Brain Worms faz um trabalho curto de Barris Offee e Ahsoka Tano. Um clone chega a ponto de comentar abertamente "Uma coisa que nós clones sabemos é como derrubar Jedi ... ")
O que torna 66 diferente é que o chip "cortaria" a capacidade de raciocínio superior dos clones e os forçaria a obedecer completamente sem questionar.