Não tenho certeza se há um raciocínio melhor citado em alguma fonte, mas de acordo com a Memória Alfa :
According to various sources, when Gene Roddenberry was deciding what to call what has come to be known as Star Trek, "Wagon Train to the Stars" was one of the names he toyed with.
Obviamente, vagão de trem tem uma conotação de "migrar lentamente com dificuldade", então nesse contexto a escolha de "Trek" se encaixa muito bem.
As informações da Memória Alfa acima (infelizmente não fornecidas) correspondem às informações em Wikipédia :
Roddenberry had extensive experience in writing for series about the Old West that had been popular television fare earlier in the 1960s and the 1950s, and he pitched his new show to the networks as "Wagon Train to the stars."
A fonte da informação da Wikipedia está listada como "especial de televisão do 25º aniversário"
Curiosamente, o título original parece ter recebido uma nova vida em " Jornada nas Estrelas: Trem de Vagão para as Estrelas "- um romance # 1 (de 6) escrito por Diane Carey para a série" Star Trek: New Earth ".