Esta é uma pergunta praticamente impossível de responder. Se os heróis formam equipes, como na Guerra Civil, então você tem vários heróis diferentes lutando entre si e suas contagens de "Heróis Combatidos" são muito semelhantes. E com todos os heróis diferentes, é muito difícil descobrir qual deles tem uma contagem um pouco maior que os outros.
Eu suponho que estamos falando sobre o Earth-616, já que você disse que o universo alt não conta. No entanto, se o fizeram, então "Deadpool mata o Universo Marvel" e "Old Man Logan", em que uma pessoa mata praticamente todos os outros são candidatos muito bons.
Em última análise, porém, aquém de ler cada história em quadrinhos de cada herói e manter um registro de todos os heróis diferentes que eles lutaram, não há como realmente saber. Para ser perfeitamente honesto, eu diria que cada herói lutou contra todos os outros heróis em algum momento durante a história deles, então provavelmente todos eles lutaram um com o outro de qualquer maneira.