Verificou ambos os eixos da serra e, quando cortou, certificou-se de que o material está bem encostado à cerca, certo?
Se o problema é apenas este canto, eu estaria inclinado a assumir que há uma colisão ou curva em uma ou ambas as paredes empurrando o fundo da junta para fora. Ou talvez o chão incline-se um pouco na direção daquele canto, de modo que o ângulo seja realmente inclinado dessa maneira.
Sugestão: Se você não consegue encontrar uma causa óbvia, e isso não está acontecendo em todos os cantos, puxe para dentro para fechá-la, alinhe-a ou preencha a lacuna com massa de madeira e confie que ninguém alguma vez notado depois de ter sido pintado.
Em qualquer casa, você pode presumir que o quadrado e o prumo não são exatos. Faça o melhor que puder.