As inconsistências que você observa em sua pergunta surgem da situação no momento de cada filme. Em Phantom Menace, a República estava funcionando normalmente e então uma criança de 9 anos seria definitivamente considerada velha demais para começar a treinar, pelas razões que Qui-Gon deu. Nesta fase, o limite de idade é mais uma questão de burocracia.
Em Empire Strikes Back, a República caiu há muito tempo, e Yoda é essencialmente o único Jedi que ficou vivo. As razões que ele dá a Luke antes de mencionar sua idade são essencialmente as razões pelas quais eles não tiveram filhos mais velhos durante a época da República.
No topo disso, eu suspeito que no Império, Yoda está deliberadamente tentando adiar Luke, para testar sua determinação. Ele sabe muito bem quem é o pai de Luke e que ele faria um poderoso Jedi baseado em sua contagem midichloriana. Eu suspeito que ele rejeita Luke mais para checar como Luke lida com a rejeição do que qualquer outra coisa. Se Luke tivesse ficado com raiva ou violento, Yoda teria rejeitado seu treinamento por esse motivo; mas, em vez disso, Luke consegue convencer Yoda de que ele é "justo" o suficiente para ser a última chance de Yoda em manter a ordem dos Jedi.