Isso não tem nada a ver com privado versus comercial. A diferença de tamanho é o que importa.
Se você comparar o custo absoluto de mover a aeronave de NYC para LA, o 737 será muito mais caro, independentemente da versão. Como você perguntou apenas qual é mais caro, não vejo necessidade de um raciocínio detalhado. Basta usar os dados fornecidos em esta resposta e torna-se óbvio que o consumo de combustível aumentará com a massa da aeronave.
Se todos os passageiros tiverem que dividir o custo, o custo por passageiro será muito maior no caso do Phenom 300. Ou quase qualquer outro Bizjet. O Phenom precisará pousar em algum lugar a caminho para reabastecer. A distância de NYC a LA é maior que a alcance máximo com carga útil completa .
Mas esse tipo de comparação não faz sentido - os dois aviões foram projetados para diferentes propósitos, então seus pontos strongs estão em seu campo de uso único. Eles não se transferem bem para os diferentes tipos de aeronaves.