Depende realmente de como você lê o feitiço.
You can make the sphere [travel up to 30 feet per round and strike a creature or object you indicate as a ranged touch attack].
Nesta leitura, a esfera está fazendo o ataque de toque, por isso não se beneficia da sua invisibilidade.
You can [make the sphere travel up to 30 feet per round] and [strike a creature or object you indicate as a ranged touch attack].
Nesta leitura, você tem duas habilidades - fazer a esfera viajar e atacar com a esfera. Sua invisibilidade se aplicaria, já que você está fazendo o ataque.
Como a esfera não tem nenhum atributo para fazer um ataque, eu gostaria de me inclinar para a segunda leitura, mas também não faz muito sentido. O que significa "indicar como um ataque por toque à distância"?
No entanto, a versão do Arcane Complete do feitiço diz:
It flies at up to 30 feet per round and attacks the creature or object you indicate. You must succeed at a ranged touch attack to strike a creature with the sphere.
Isso faz mais sentido e carrega a intenção do feitiço. Você faz um ataque de toque à distância para dizer à esfera "isto é quem você vai e acerta" e então a esfera vai e acerta, nenhum teste de ataque é necessário. Já que você é o único a fazer o teste de ataque, o alvo está de pés chatos contra você. Imagine filmar um alvo invisível no alvo, que está muito ocupado guardando contra o orbe mágico mágico para perceber que você também está mirando nele.