Why was Neo let go?
Porque faz parte do plano.
Sabemos que a matriz é um sistema de controle. Descobrimos em Matrix Reloaded (quando Neo fala ao Arquiteto) que Sião, a resistência e o Um também fazem parte do sistema de controle (criado pelo Oráculo) para explicar a porcentagem que não aceitará adequadamente a programação da Matriz.
A ideia é que a resistência se constrói e o Um é encontrado. Então os sentinelas atacam Sião, o Um vai para a Fonte com os sobreviventes e nós enxaguamos e repetimos.
As pistas para as coisas serem diferentes desta vez mostram quando Smith começa a sair do roteiro (o interrogatório de Morpheus onde ele tira o fone de ouvido e as máscaras). Isso resulta na escalada nos poderes de Smith e Neo quando o Matrix tenta se equilibrar.
Quando Morpheus encontra "Ones" potenciais, o sistema sabe disso, e os agentes / sentinelas estão realmente lá apenas para criar uma falsa narrativa de luta para manter a resistência enganada.
O sistema já sabe quem é Neo e tentou a 'porcaria da Gestapo' quando Morpheus o extrai (e de fato é para encorajá-lo a ir com Morpheus, embora Smith, por exemplo, não esteja ciente das ramificações).
Eles poderiam ter matado Neo quando ele acordou e parou todo o ciclo, mas é o plano das máquinas para Neo ser extraído para que eles não façam muito esforço.
É tudo uma dança, se eles realmente quisessem destruir toda a resistência que poderiam atingir Zion antes do último ser encontrado (eles já fizeram isso 5 vezes), a coisa toda é apenas parte do sistema de controle .
Isso também faz parte das discussões de autodeterminação entre a Neo e a Oracle. O que Neo descobre em Reloaded é que seu "fazer seu próprio destino" como Neo é tão parte do roteiro quanto sua vida como o Sr. Anderson era.
Ele só muda as coisas quando passa pela porta "errada" para salvar Trinity.
Considere também que eles mencionam que não conhecem o ano real, e que as pessoas geralmente são extraídas em tenra idade, e Morpheus passou sua 'vida inteira' procurando por Neo. Assim, as máquinas provavelmente encorajarão a caça, já que a restauração pode levar décadas (de paz para o sistema) antes que a busca pelo Um alcance o estágio que vemos em Matrix