Eu acho que um problema maior do que a vedação de tinta dos parafusos é se os parafusos em questão são ou não feitos de um material compatível com o seu deck.
Madeira tratada com pressão (com a qual o seu convés é esperançosamente construído) tende a corroer praticamente qualquer coisa que você coloque nele, a menos que os fixadores sejam de aço inoxidável, ou tenham revestimento galvanizado . A madeira vendida depois de janeiro de '04 (nos Estados Unidos, pelo menos) é especialmente corrosiva, já que as serrarias se mudaram para um conservante diferente.
Se o seu deck foi construído com madeira serrada vendida em '04 ou mais tarde, o que eu duvido que seja seu, é especialmente importante que você use parafusos classificados para uso em madeira tratada com pressão.
Eu sugiro olhar para a caixa em que esses parafusos entraram e ver se eles são aprovados para uso em material PT. Se eles não forem aprovados, tenho muita dúvida de que a tinta fará alguma diferença.