Pelo que eu me lembro, foi a programação original dela para matá-lo e a explosão deve tê-la redefinido para as configurações de fábrica (F * # k você Apple).
Do meu conhecimento de eletrônica do mundo real, suponho que é possível que a explosão tenha corrompido um disco rígido ou parte de um disco rígido e que forçou a CPU a inicializar no modo de segurança que inicializaria com configurações padrão, AKA mate John Connor.
Voltar ao normal pode ter sido porque a CPU encontrou um backup do disco rígido que estava corrompido. (Sempre faça backup de suas coisas!) No entanto, os computadores no mundo real são capazes de encontrar e carregar backups em segundos, não em horas. Embora dependa de quantos dados ela está armazenando.
Então, para responder à sua pergunta, é meio que um problema de software e hardware.