Esta página provavelmente mostra tudo o que você está pensando, mas vou resumir também:
S05E10
The Lord has shown me Bolton banners burning
No S06E09 antes do início da batalha, quando ambos os exércitos estão enfrentando o campo de batalha, os planetas são esfolados, pregados em cruzes de cabeça para baixo, como nos estandartes de Bolton, e seus corpos estão em chamas. Embora não sejam bandeiras literais, é bem possível que ela tenha visto exatamente o que está representado nas bandeiras e tenha interpretado erroneamente a visão.
S06E01
I saw him in the flames, fighting at Winterfell
Quando ela vê o corpo de Jon na mesa, ela fica confusa ao ver uma visão dele lutando em uma batalha em Winterfell. Isso é claramente corrigido quando ele é ressuscitado e depois luta na batalha no S06E09.
S05E07
I have seen myself walk along the battlements of Winterfell. I have seen the flayed man banners lowered to the ground.
Esta é provavelmente a citação a que você estava se referindo na pergunta. Ela entende na época que é Stannis que vai reivindicar Winterfell (note que ela nunca o vê explicitamente, apenas a si mesma), mas essa visão se torna realidade no S06E09 quando Jon alega Winterfell e ela fica nas ameias, observando os estandartes do Bolton serem cortados e substituído pelos estandartes Stark.