Não, não vai. As reservas de voo fazem parte da documentação que você fornece para estabelecer a natureza do seu itinerário. Você está livre para alterar as datas e horários dos voos.
O único impacto que isso tem é no período de validade do seu visto - especialmente se esta for a primeira vez que você se inscreve.
A embaixada pode escolher fixar suas datas de validade em +/- alguns dias do seu itinerário fornecido.