Você está certo em relação ao Homem de preto :
In this form he could manifest as deceased individuals, most frequently as his former body.
Isso significa que eram visões. Sua origem não foi explicada.
Eu acho que a teoria mais lógica é: desde que sabemos que Walt tinha habilidades paranormais, pode-se supor que ele estava telepaticamente se conectando com Shannon e causando as visões (aparentemente a mensagem dele era "Aperte o botão. Não aperte o botão. Ruim.").
Você também pode verificar as teorias de fãs no Lostpedia sobre a visão e Walt .