Focando-se puramente na versão 2015 da Cinderela, a resposta parece ser que é porque os sapatos de vidro foram conjurados separadamente (e, portanto, feitos totalmente mágicos como parte do um feitiço diferente) em vez de ter sido transfigurado de outra coisa.
Como eles foram uma reflexão tardia, a restrição da meia-noite não parece ter o mesmo efeito sobre eles:
FG: "Let's have something new for a change. I'm quite good at shoes"
...
"At the last stroke of midnight, the spell will be broken and all will return to what it was before"