Como você percebeu corretamente, o Indominus Rex nunca existiu, eles inventaram completamente aquela criatura, como o "ativo" que deveria ser. No entanto, eles não criaram a partir do nada. O que eles fizeram foi misturar o DNA de vários dinossauros e outros animais que eles já tinham (o que podemos assumir como sendo cientificamente possíveis no filme), como o Velociraptor, o T-Rex e alguns animais existentes como choco (ganhando camuflagem), sapos (ganhando furtividade) e outros.
Claire: Our advances in gene splicing have opened up a whole new frontier...The Indominus Rex. Our first genetically modified hybrid.
Investor: How did you get two different kinds of dinosaurs to, you know...
Dr. Wu: Indominus wasn't bred. She was designed.
Afinal, este não é um conceito novo no universo do Jurassic Park. Se você se lembra, no primeiro filme eles completaram o DNA dos dinossauros em falta com o dos sapos , o que os levou a desenvolver possibilidades de reprodução por conta própria, mesmo sendo todos criados como fêmeas.
E isso também faz parte da justificativa moral do Dr. Wu para criar esse novo "dinossauro". Eles inventaram todos aqueles dinossauros em um laboratório a partir de um DNA extinto possivelmente misturado com algum outro DNA. Então apenas misturar mais animais e mais dinossauros em um só foi o próximo passo nesse processo. Você poderia dizer que o Indominus Rex é tanto um dinossauro real e tem tanto direito natural de existir quanto todos os outros dinossauros "extintos" (decidir por si mesmo, porém, quanto certo que é).
Dr. Wu: You are acting like we all engaged in some kind of mad science. But we are doing what we have done from the beginning. Nothing in Jurassic World is natural. We have always filled gaps in the genome with the DNA of other animals. And, if their genetic code was pure, many of them would look quite different.