Resposta curta: Todos na matriz estariam mortos e Sião seria destruída. A raça humana seria extinta e as máquinas sobreviveriam, mas com muito pouco poder
Resposta longa: O Matrix não pode reiniciar depois que Neo escolheu Trinity sobre a humanidade. A Neo precisava retornar à fonte para o Matrix reinicializar. Com Zion destruído também e o colapso da Matrix, todos os humanos morreriam.
O arquiteto diz exatamente o que acontecerá e, essencialmente, responde totalmente à sua pergunta
The Architect: You are here because Zion is about to be destroyed. Its every living inhabitant terminated, its entire existence eradicated.
Neo: Bullshit. [the monitors respond the same]
The Architect: Denial is the most predictable of all human responses. But, rest assured, this will be the sixth time we have destroyed it, and we have become exceedingly efficient at it.
Assim, os humanos do 'mundo real' vão morrer (as máquinas esperam que Neo escolha salvar a humanidade retornando à fonte e reinicie o Matrix: escolha também alguns indivíduos para reconstruir Zion).
The Architect: The function of the One is now to return to the source, allowing a temporary dissemination of the code you carry, reinserting the prime program. After which you will be required to select from the matrix 23 individuals, 16 female, 7 male, to rebuild Zion. Failure to comply with this process will result in a cataclysmic system crash killing everyone connected to the matrix, which coupled with the extermination of Zion will ultimately result in the extinction of the entire human race.
Neo: You won't let it happen, you can't. You need human beings to survive.
The Architect: There are levels of survival we are prepared to accept.
Isso implica que as máquinas sobreviverão, possivelmente em uma fonte de alimentação de backup, mas não na potência máxima. Além disso, todos os humanos da Matrix morrerão.
The Architect: There are two doors. The door to your right leads to the Source and the salvation of Zion. The door to your left leads back to the Matrix, to her... and to the end of your species. As you adequately put, the problem is choice. But we already know what you are going to do, don't we? Already I can see the chain reaction: the chemical precursors that signal the onset of an emotion, designed specifically to overwhelm logic and reason. An emotion that is already blinding you to the simple and obvious truth: she is going to die and there is nothing you can do to stop it.
e
Neo: If I were you, I would hope we don't meet again.
The Architect: We won't.
Então, Neo só tem uma chance nas portas (por qualquer motivo). Ele não pode simplesmente salvar Trinity e depois voltar para o Architect e ir embora pela outra porta e reiniciar o Matrix.
Isso só mudou por causa de Smith, as máquinas 'precisavam' de Neo para impedir que Smith se espalhasse na cidade das máquinas. A matriz ainda iria falhar (embora mais lentamente) sem Smith. A trégua entre humanos e máquinas NÃO teria acontecido sem Smith, a Matriz entraria em colapso e Zion seria destruído.
O arquiteto é indiscutivelmente uma das fontes mais confiáveis de informação, ele parece sempre dizer a verdade e até mesmo despreza o Oráculo por implicar que ele quebraria sua palavra. veja aqui:The Oracle: What about the others?
The Architect: ...What others?
The Oracle: The ones that want out.
The Architect: Obviously they will be freed.
The Oracle: I have your word?
The Architect: What do you think I am? Human?
também
The Architect: You played a very dangerous game.
The Oracle: Change always is.
O Oráculo jogou um jogo perigoso quase matando todos os humanos, e forçando as máquinas a essencialmente 'energia de emergência' se o Matrix desmoronasse. Com ou sem Smith Neos, a escolha teria matado todos os seres humanos. Smith apenas salvou os humanos porque as máquinas não podiam controlá-lo, o que levou a uma trégua entre humanos e máquinas.
O acidente sem Smith seria simples, com um lento sangramento de erros em toda a matriz, até que o sistema não aguentasse mais. Toda vez que alguém faz uma escolha no Matrix, parece causar um pequeno erro, esses erros continuariam aumentando como um laptop diminuindo a velocidade ao ser preenchido com mais e mais malwares. Smith apenas fez isso acontecer mais cedo. E ironicamente salvou a humanidade de certa destruição.
Espero que isso ajude.