Então, eu li nos quadrinhos norte-americanos, que foram a segunda iteração da história, embora não significativamente diferente em detalhes, apenas no narrador. Desde então, a história evoluiu muito, especificamente no que diz respeito ao universo cinematográfico. O wiki Transformers explica melhor do que eu:
O que se segue é a minha resposta original da memória, que pode ser considerada uma paráfrase justa do texto do wiki, sem detalhes mais recentes (como o Fallen).
É explicado nos quadrinhos (desculpe, estou no celular sem referências úteis). Unicron e Primus eram seres divinos em guerra uns com os outros. Primus enganou Unicron em um corpo de planta, junto com ele mesmo em outro) a fim de detê-lo, mas depois de muitos éons eles aprenderam a manipular suas novas formas corporais. Unicron se fez o assassino do planeta; Primus preparou-se para a batalha inevitável, dando origem a seres robóticos sencientes. Foi muito depois disso, enquanto Primus dormia com seus esforços, que a facção Deception se formou e transformou Cybertron (o corpo de Primus) em uma zona de guerra destruída.