Poderia ser " Under the Cat's Eye " por Gillian Rubinstein?
Não tenho certeza, mas a descrição parecia semelhante em vários aspectos. E a Amazon diz que foi publicado em 1998, então o timing também se encaixa.
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O título inclui "olho de gato", e uma das capas é preta e tem um grande olho de gato esverdeado. É apenas um, não um par.
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o personagem principal, Jai, é homem, mas ele tem dois amigos, "Hugo" e "Seal". "Seal" é uma garota e é muito importante para o enredo. De acordo com um Prezi de Henry T , no final da história,
"Seal finds out that she is the lost baby, not Jai."
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a história acontece em um colégio interno e de acordo com a revisão de Thomas Myer
the awful chest in the hallway where the baby died [...] turns out to be a portal between parallel universes.
