Eu fiz vários pisos de cerâmica apenas enroscando a placa hardie para baixo e, em seguida, colocando thinset e azulejo bem no topo. Acabei de ouvir recentemente que algumas pessoas recomendam que você coloque o thinset sob sua prancha de hardie.
Como você está colocando hardie board em placas com pequenas falhas, eu não recomendaria tentar colocar o thinset embaixo dele. Vai fazer uma bagunça enorme debaixo da casa (ou o que quer que esteja debaixo do seu banheiro). Também é mais provável que o piso seja irregular, pois é difícil nivelar o conjunto separado por lacunas.