Por RAW
Não, você ainda mantém o +3. Para comparar, Scorching Ray, um feitiço bastante similar, mecanicamente (causa dano elementar em um ataque de toque) não causa GANHO +3 no acerto para alterar seu dano em relâmpago.
Por RAI
Uhm, bem, provavelmente não.
Por saldo
Você está pagando por essa combinação específica de efeitos e provavelmente não obtém nenhum benefício significativo dela. Além disso, estabelece um precedente feio para o houserule. Outras magias baseadas em ataques de toque recebem +3 de acerto quando causam dano de raio? Raio escaldante não. Decidir que o dano causado por um raio, em geral, recebe um saldo líquido de +3 em testes de acertos é um houserule perigoso e desequilibrado que pode ou não valer a pena. Decidir que o Shocking Grasp retém seus bônus de acordo com a RAW tem muito pouco efeito sobre o equilíbrio geral do jogo.