Concordo que, em geral, outras abóboras podem ser substituídas por abóbora. Eu tentei alguns tipos diferentes de squashes, mas obviamente há muitos mais que eu não tentei.
Definitivamente, existem diferenças no sabor - obviamente, isso vai mudar um prato, mas não arruiná-lo.
As maiores diferenças que encontrei são o teor de água e a textura.
Ao assar a abóbora, o tempo de cozimento pode precisar ser ajustado para obter um produto com a consistência necessária. Usando torta como exemplo - eu tive que ajustar meu cozimento para evitar um recheio de torta escorrendo. Obviamente, em algumas receitas, como sopa, isso não será tão importante.
Algumas abóboras, como o espaguete, têm texturas que seriam estranhas quando a abóbora suave é esperada.