O assunto foi realmente abordado em um dos comentários da pergunta vinculada.
De link
A holodeck combines transporter technology with that of replicators, by generating actual matter, as well as projecting force fields to give the objects the illusion of substance.
Existem diferentes razões propostas para ter ambos, um deles é que qualquer coisa ingerida DEVE ser matéria real (caso contrário, o usuário teria efeitos negativos sobre a saúde depois de ingerir e deixar o Holodeck); outra é que é mais fácil / mais fácil replicar alguma matéria (por exemplo, água, ou qualquer outra questão dinâmica) do que simular totalmente o computador e depois gerá-lo holograficamente.
Por outro lado, como você observou, replicar um humano é muito mais importante do que projetar um deles holograficamente.