No final do Enigma do Príncipe, quando Harry e Dumbledore estão sozinhos com Draco, vários outros Comensais da Morte entram na sala. Mais tarde, quando Lupin e os outros estão discutindo o que aconteceu, eles dizem algo como "Nós fomos jogados contra a barreira, mas Snape passou por ela como se não estivesse lá. Você deve ter precisado de uma Marca Negra para passar por isso."
Eu não tenho certeza quando a barreira foi colocada, então eu não posso dizer que Malfoy passou por isso com sua Marca Negra. No entanto, ele e Snape correm por isso no final, e presumivelmente conseguem atravessar a barreira facilmente, implicando que eles têm a Marca Negra.
ETA: Mais 2 provas:
- Por Madame Malkin, Malfoy estremece quando ela chega perto do braço esquerdo dele com a agulha
- Ele mostra ao Sr. Burke algo que o assusta - Harry conjectura que é a marca negra.