As pessoas "sem fio" são imunes à tomada de controle de agentes
Os agentes não podem entrar na mente de alguém que invadiu - até onde o sistema sabe, eles não existem. As pessoas que atacam (Neo e o resto das equipes de Zion) estão isoladas da mente governante da Matrix. Todas as interações com elas são feitas na Matriz, por meio de um diálogo real, em vez da forma como os Agentes conversam entre si / com o núcleo da Matriz (exemplificado pelas suas partes da orelha).
O raciocínio para isso é bastante simples: as pessoas que estão conectadas ao Matrix estão diretamente conectadas ao código principal do Matrix. A matriz tem raiz para eles, no jargão da segurança. Pode estar ciente de qualquer coisa que experimente (ou tenha experimentado e lembre) e possa mudar / alterar / controlar seus corpos e percepções.
Desta forma, os agentes podem assumir o corpo das pessoas durante as emergências. Eles são agentes do sistema, que os insere em locais compatíveis (seres humanos 'pílulas azuis').
Os hackers de Zion, por outro lado, NÃO têm uma conexão direta com o código ou processos centrais da Matrix. Pelo contrário, eles existem dentro da construção da Matriz e interagem com ela. A Matriz só se torna consciente deles quando suas interações se desviaram para o aviso da AI controladora. Na falta de acesso direto às suas mentes, os agentes não podem acessá-los para assumir.
Agente Smith
Graças a Neo se injetando no código da Agente Smith, Smith ganhou alguns dos poderes do Um - ele exemplificou isso sendo mais strong e mais rápido do que os agentes atualizados e substituindo seu código em outros pelo toque. A explicação mais provável é que o agente Smith, usando o conhecimento e o poder que ganhou da Neo, alterou seu (agora inútil devido à desconexão do núcleo central da Matriz) sobrescrevendo o código para que ele pudesse copiar (em vez de recortar e colar) tocar. Em vez do que os outros Agentes fazem (o que presumivelmente permite que eles saiam de uma pessoa, removendo sua memória de serem tomados), ele oblitera a pessoa e copia sua personalidade e aparência em sua forma.
Quando ele se colocou em Bane, ele substituiu a mente de Bane com a sua, permitindo que ele se propagasse para o mundo real. Isso só foi possível devido às mudanças que ele havia sofrido graças às ações de Neo no final de The Matrix. Os Agentes Padrão não podem fazer isso, ou eles teriam simplesmente sobrescrito as tripulações de Zion em todas as oportunidades (e Smith teria simplesmente sobrescrito Morpheus quando ele foi capturado - se ele ganhou os olhos da Oracle e foi capaz de passar por Bane por um período, é razoável suponha que ele tenha mantido o acesso às memórias da pessoa).