Nunca foi dito o que aconteceu com aquele navio em particular. No entanto, quando nos deparamos com Blon Fel-Fotch novamente no episódio "Boom Town ", descobrimos o plano dela basicamente para explodir a Terra e usar sua prancha de extrapolação para surfar a onda resultante até a liberdade.
Dado que ela precisa fazer algo tão drástico e ridículo para sair da Terra, podemos seguramente assumir que a nave Slitheen no Tamisa está danificada além do reparo, ou muito segura para colocar as mãos, ou ambos.
Eu acho que @Tim está perto com o comentário dele, mas considerando o quão cedo na série esses episódios com a família Slitheen acontecem, eu acho que é mais provável que Torchwood tenha levado a nave, não a UNIT. Como resultado, há uma boa chance de que estivesse em algum lugar entre os outros apetrechos de alienígenas, quando o 10º Doctor, Rose e Jackie foram levados para a Torchwood Tower em Canary Wharf.
Como Yvonne diz: "Se é alienígena, é nossa".