Não sabemos ao certo.
Não é definitivamente explicado em nenhum lugar de onde veio o trigo. No entanto, podemos deduzir alguns fatos.
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Alguém plantou o trigo (foi plantado, como os personagens apontam)
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O planeta teve uma civilização próspera em algum momento
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David estava sozinho no planeta por uma década
Então, podemos desenhar 2 linhas de pensamento daqui.
O trigo foi plantado e cultivado pelos Engenheiros. Eles tinham trigo, assim como fizemos, e cultivaram. Depois de uma década, ainda encontramos remanescentes de campos de trigo de sua civilização.
O trigo foi plantado por David. David ficou sozinho por uma década e não teve muito o que fazer. Ele pode ter plantado para seus experimentos biológicos. Onde ele encontrou o trigo para cultivá-lo em primeiro lugar, não tenho certeza. Mais uma vez, talvez já estivesse lá, ou talvez ele construiu de alguma forma?
Eu me inclino para a primeira hipótese, mas só podemos especular, e a menos que o diretor ou escritores mencionem o tópico, não sabemos com certeza.