De acordo com a página da Memória Alfa a que você liga, durante o episódio, Janeway
...has the Doctor save all of the research regarding the nanoprobes in his holomatrix. She also explains that, if the Borg threaten Voyager in any way, the crew will simply erase The Doctor's program.”
Se o Borg soubesse disso (eu realmente não vi os episódios) e acreditasse em Janeway, então perseguir a Voyager resultaria na única arma efetiva conhecida contra a Espécie 8472 sendo perdida. Não é muito produtivo.