Sim, o dano de Hunter's Mark também é dobrado em um crítico. A seção sobre hits críticos diz que:
If the attack involves other damage dice, such as from the rogue’s Sneak Attack feature, you roll those dice twice as well.
* Hunter's Mark diz que:
Until the spell ends, you deal an extra 1d6 damage to the target whenever you hit it with a weapon attack.
Este é o mesmo texto de "dano extra" que o ataque furtivo:
Once per turn, you can deal an extra 1d6 damage to one creature you hit with an attack if you have advantage on the attack roll.
Portanto, se Sneak Attack for dobrado em um crit, que as regras explicitamente dizem que é, o dano de Hunter's Mark também será dobrado em um acerto crítico.