A resposta está implícita no Livro do Jogador, capítulo 10:
Areas of Effect
... A spell's effect expands in straight lines from the point of origin. If no unblocked straight line extends from the point of origin to a location within the area of effect, that location isn't included in the spell's area. To block one of these imaginary lines, an obstruction must provide total cover, as explained in chapter 9.
Obstruções que fornecem cobertura total, como paredes ou pisos de masmorras, limitam a área de efeito. Isso significaria que, no seu exemplo, o cilindro vai do chão ao teto, mas não acima, já que o teto fornece cobertura total para qualquer coisa acima dele, excluindo a presença de furos.
Como Anaximandro diz, você pode pensar na Área de Efeito como luz originária do ponto de origem. Se um alvo dentro da Área estiver totalmente sombreado, ele terá cobertura total e não será afetado, a menos que o efeito seja declarado para se espalhar pelos cantos.