Em duas das minhas viagens (mesma companhia aérea, mesmo tipo de avião 777), notei que o avião tomava rotas muito diferentes (de Nova York para os Emirados Árabes Unidos).
1ª viagem em 2012 (azul): Duração 11h 30m
2ª viagem em 2013 (verde): Duração 13h 00m
Eu sei que a linha azul é a distância mais curta, e provavelmente também por causa dos fluxos de jato, levou menos tempo. Mas por que um avião pegaria essa rota verde, mesmo não considerando os jatos?
Desde que eu não sou uma pessoa importante, eu não poderia perguntar ao capitão do avião esta questão no final da jornada.
P.S .: Eu observei as rotas de voo no sistema de entretenimento que esta companhia aérea tem para todos os passageiros. 
Muitas razões são possíveis, variando de ventos a outros problemas. Neste caso, estou disposto a apostar que o primeiro vôo foi baseado no roteamento mais eficiente para aproveitar os ventos de partida no caminho e que o segundo foi evitar o espaço aéreo sírio e turco por causa das questões políticas no início deste ano.
Veja também:
Além da resposta do user241, os países têm diferentes taxas de rota que podem influenciar as companhias aéreas em custo trade-off para tomar rotas diferentes. Tarifas de rota podem ser negociadas entre companhias aéreas e países, levando a rotas diferentes por companhias aéreas diferentes.