Eu acho que pode ser devido a oxidação de frutas.
É muito comum quando você deixa as frutas que são cozidas / cruas ao ar livre. Provavelmente ajuda se você puder adicionar um pouco de sal lá (mesmo que pareça estranho, mas definitivamente funciona).
A razão pela qual o atolamento feito na fábrica não fica escuro é por causa de todo o alimento adicional viciante e conservante que está dentro da comida. Sinceramente, não recomendo manter a compota de manga fresca por muito tempo, porque ela vai mal rapidamente.
Acontece com muitos outros alimentos, como batata, etc.