Você deve evitar que uma Bruxa tome uma ação, ou remover a Pedra de Coração de sua posse, a fim de impedi-los de se tornarem Etéreos.
Spellcasting vs ações
A Bruxa tem a capacidade de realizar a ação "Eterealidade" como citado em sua pergunta. A descrição não diz que isso é feitiçaria, mas apenas requer sua habilidade de tomar uma ação e estar na posse do heartstone.
Se este fosse um lançamento de feitiços, ele teria sido listado sob a vontade ou conjuração inata dentro de seu bloco de estatísticas (ou da Bruxa ou se estivesse usando a regra Variante para os Cônsules de Hag) e exigiria componentes somáticos e verbais (veja abaixo).
Segurar vs ter
Desde que o Heartstone esteja possuído (não mantido, apenas tenha) e a Bruxa ainda possa tomar uma ação (não tem a condição Incapacitada), eles podem se tornar Etéreos.
Isso é semelhante à idéia de que você pode ter um escudo em sua posse, mas isso não lhe dá os benefícios do escudo. Neste caso, a posse é tudo o que é necessário. Se o Livro dos Monstros dissesse "aguentar" ou "empunhar", isso exigiria isso.
Conjuração inata e componentes
O fato de os componentes serem ou não necessários para a conjuração inata de uma criatura será determinado pelo seu bloco de estatísticas. Uma bruxa não requer componentes materiais para conjurar suas magias, mas exige somáticas e verbais. Um Hag amarrado e amordaçado seria incapaz de conjurar suas magias que exigissem esses componentes.
Se você está pensando se uma criatura amarrada / amordaçada foi ou não Incapacitada, considere que condições como Grappled e Restrained NÃO removem a habilidade de uma criatura realizar uma Action. Ser Atordoado, Paralisado ou Inconsciente são os tipos de condições que impedem Ações.
Evitando a eterealidade como uma ação
A melhor maneira de fazer isso no caso da bruxa é remover essa Pedra do Coração uma vez que a criatura tenha sido amarrada / amordaçada (ou melhor ... antes!) Caso contrário, você não apenas precisa restringir e amordaçá-los, mas você também precisará ter certeza de que eles estão Atordoados, Paralisados ou Inconscientes por qualquer magia ou reduzindo seu HP para 0.