Tudo estava correto, de um certo ponto de vista
Agora sabemos que os três irmãos perdidos de Jon são Robb, Bran e Rickon.
Daenerys
Daenerys provavelmente já ouviu falar da morte de Robb na terceira temporada do episódio 9, "The Rains of Castamere", por ser um evento bastante falado. Ela também tinha ouvido falar das "mortes" de Bran e Rickon de Tyrion quando Theon e Yara se encontraram com eles. A partir dessa conversa, ela também descobre que os meninos Stark não estão realmente mortos ou não foram mortos por Theon, pelo menos.
Tyrion: It was. And how have things been going for you since then? Not so well, I gather. Can’t imagine you would have murdered the Stark boys if things had been going well.
Theon: I didn’t murder the Stark boys. But I did things that were just as bad or worse.
Yara: And he paid for them.
Tyrion: Doesn’t seem like it. He’s still alive. It was complicated for you, I’m sure, growing up at Winterfell. Never quite knowing who you were. But then, we all live complicated lives, don’t we?
Game of Thrones, Season 6 Episode 9, "Battle of the Bastards"
Novamente, como a citação no OP vem depois da Batalha dos Bastardos, é bem provável que ela já tenha ouvido falar da morte de Rickon. Portanto, do ponto de vista dela, perder dois irmãos está correto.
Jon
Agora posso dar algumas dicas para que isso faça sentido. Em primeiro lugar, se você quiser ter o significado literal da palavra, então Robb não estava perdido e Jon teria suspeitado que Theon não matou seus irmãos por causa de Rickon aparecer. Portanto, os dois únicos que tinham o paradeiro desconhecido eram Bran e Rickon.
Se você quiser tomar o significado implícito da palavra, ou seja, a morte, (o que é mais provável que Dany significa aqui), então ainda pode soar verdadeiro na cabeça de Jon. Neste ponto, ele sabe com certeza que Robb e Rickon estão mortos, no entanto, ele não tem nenhuma evidência completa para Bran. Como a história de Theon de matá-los é falsa, podemos supor que Jon não acredita realmente nisso.
Então, e Jon dizendo que achou que estava morto? Bem, para começar, é muito mais fácil admitir algo para si mesmo quando você tem provas concretas. É provável que Jon nunca quisesse admitir que a maioria de sua família estava morta e continuava brincando. Então, aqui novamente, parece que Jon dizendo dois irmãos também está correto de um certo ponto de vista.
Por último, da parte de Jon, é importante notar que ele está lá para pedir a ajuda de Daenery, ela está tendo uma conversa particular com ele e está começando a se abrir para ele. A pior coisa que ele deve fazer é corrigi-la e parecer uma bunda esperta nessa situação, se ele acredita que ela está errada.
Em uma pequena nota para a resposta de Jon à pergunta aqui você diz que ele concorda, mas a transcrição é sobre Genius parece acreditar que ele balança a cabeça. Agora eu assisti a cena de volta e acho que ele realmente acena com a cabeça, mas é apenas um leve aceno de cabeça. Isso poderia significar várias coisas para um leve acordo, difícil para ele admitir, etc.
Jon provavelmente sabia que Theon não matou os garotos
Não tenho certeza se há alguma evidência concreta, mas Theon disse a Sansa que ele não matou os meninos e foi discutido mais tarde. Portanto, é muito provável que Sansa tenha contado a Jon sobre isso, mas não me lembro se isso acontece na tela ou não.
Theon: Jon will have me killed the moment I step through the gate.
Sansa: I won’t let him. I’ll tell him the truth about Bran and Rickon.
Theon: And the truth about the farm boys I killed in their place? The truth about Ser Rodrik, who I beheaded?
Game of Thrones, Season 6 Episode 2, "Home"
Jon sabia que Bran estava vivo de qualquer maneira
Theon supostamente matou Bran e Rickon na 2ª Temporada Episódio 8, "O Príncipe de Winterfell. Sam então encontra Bran na 3ª Temporada Episódio 10," Mhysa ". Mesmo que Bran faça Sam prometer não contar a Jon sobre ele indo para o norte da Muralha, Sam diz a ele de qualquer maneira.
Jon (to Sam): When you told me about Bran going beyond the Wall, all I could think about was getting my strength back so I could go and find him.
Game of Thrones, Season 4 Episode 4, "Oathkeeper"
Perder dois não significa que você não tenha perdido três
Só porque ele não abriu sobre a extensão de sua "perda" não significa que ele não tenha perdido mais. Afinal, se você perdeu 3 irmãos e diz que perdeu 2, isso não significa que você não tenha perdido 3. Significa que você está apenas contando parte da história.
Tecnicamente ele perdeu dois irmãos
Este é um spoiler da 6ª temporada em diante e foi explicitamente confirmado na 7ª temporada do Episódio 7, "The Dragon and the Wolf". É claro que Jon não sabe sobre isso neste momento, então poderia ter sido uma sugestão dos escritores para incluir a coisa "2 irmãos".
Jon is actually the legitimate son of Rhaegar Targaryen and Lyanna Stark. This means he has lost two half siblings already: Rhaenys and Aegon.