Por que o agente Smith se assusta no confronto final com Neo?

Você se lembrará de que o Agente Smith se tornou essencialmente um vírus agora, assumindo vários outros seres em Matrix. O diálogo que você cita acima é devido ao seu 'consumo' se você for do Oracle.

Você levanta várias questões, então eu as abordarei uma por uma:

What happened here?

Smith chega à conclusão de que seu consumo do Oráculo está causando impacto nele.

Why is Smith talking to himself like that, and why is he surprised by what he said?

Ele fica surpreso com o que ele disse porque não o disse de bom grado; só veio a ele. Aqui ele provavelmente percebe que seu consumo do Oracle está causando um impacto sobre ele. Não foi Smith falando aqui, mas O Oráculo e ele estavam confusos sobre o porquê de uma das pessoas que ele consumiu estar falando de dentro dele.

Como apontado no comentário de jono, note que Smith se refere a Neo como "Neo", seu nome verdadeiro, ao invés de "Sr. Anderson" como ele normalmente faz. Smith não está falando; é o Oráculo conversando com Smith.

Finally, why does he suddenly become afraid of Neo?

Como apontado no comentário de Hypnosifl, até mesmo O Oráculo não podia ver o futuro 'além de uma escolha que eles não podem entender'; essa foi uma dessas escolhas e Smith de repente ficou com medo porque não conseguia ver o que iria acontecer.

O script original deixa muito mais claro que Smith foi infectado e está, até certo ponto, sendo controlado e enfraquecido pelo Oracle:

SMITH: I stand here, right here and I'm supposed to say something... I say...

Again the future flashes in his eyes and he sees Neo's hands buried beneath the gleaming blackness.

SMITH: Everything that has a beginning, has an end.

The familiar words suddenly clear Neo's mind. He looks up as Smith looks down.

SMITH: Don't be afraid, Neo.

Neo almost can't believe what he just heard as—

Another flash reveals the liquid obsidian covering Neo's face, but his face is calm, even serene.

SMITH: What? What did I just say?

In his confusion, he looks to Neo, who now understands.

SMITH: No, no. This isn't right. This can't be right!

Para alguém tão confiante e controlador quanto Smith, descobrir subitamente que ele está é claramente um grande choque para ele.

Da matriz original:

SMITH: You hear that Mr. Anderson?... That is the sound of inevitability... It is the sound of your death... Goodbye, Mr. Anderson...

Em seguida, nas revoluções:

ORACLE: Everything that has a beginning has an end. I see the end coming. I see the darkness spreading. I see death. And you are all the stands in his way."

NEO: Smith?

ORACLE: Very soon, he is going to have the power to destroy this world, but I believe he won't stop there. He can't. He won't stop until there's nothing left at all.

NEO: What is he?

ORACLE: He is you, your opposite, your negative, the result of the equation trying to balance itself out.

NEO: And if I can't stop him?

ORACLE: One way or another, Neo, this war is going to end.

Depois, mais tarde:

SMITH: Wait, I've seen this. This is it; this is the end! Yes, you were laying right there, just like that, and I...I stand here, right here, and I'm supposed to say something...I say, "Everything that has a beginning has an end, Neo."

SMITH: What? What did I just say? No, no, this isn't right. This can't be right. Get away from me!

NEO: What are you afraid of?

SMITH: It's a trick!

NEO: You were right Smith. You're always right. It was inevitable.

...

SMITH: It's not fair!

Smith viu o futuro. Presumivelmente, o Oráculo também o viu e assimilou o Oráculo. Ela não está realmente falando através dele, mas Smith viu o que viu.

Como parte da mesma visão, Smith sabe que ele - de uma maneira ou de outra - será destruído, e isso o assusta. Ele chama isso de "um truque", mas Neo e seu oposto Smith "equilibrando a equação" são inevitáveis .